Classification multilabel de concepts médicaux pour l’identification du profil clinique du patient (Multilabel classification of medical concepts for patient’s clinical profile identification )

Christel Gérardin, Pascal Vaillant, Perceval Wajsbürt, Clément Gilavert, Ali Bellamine, Emmanuelle Kempf, Xavier Tannier


Abstract
La première tâche du Défi fouille de textes 2021 a consisté à extraire automatiquement, à partir de cas cliniques, les phénotypes pathologiques des patients regroupés par tête de chapitre du MeSH-maladie. La solution présentée est celle d’un classifieur multilabel basé sur un transformer. Deux transformers ont été utilisés : le camembert-large classique (run 1) et le camembert-large fine-tuné (run 2) sur des articles biomédicaux français en accès libre. Nous avons également proposé un modèle « bout-enbout », avec une première phase d’extraction d’entités nommées également basée sur un transformer de type camembert-large et un classifieur de genre sur un modèle Adaboost. Nous obtenons un très bon rappel et une précision correcte, pour une F1-mesure autour de 0,77 pour les trois runs. La performance du modèle « bout-en-bout » est similaire aux autres méthodes.
Anthology ID:
2021.jeptalnrecital-deft.3
Volume:
Actes de la 28e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles. Atelier DÉfi Fouille de Textes (DEFT)
Month:
6
Year:
2021
Address:
Lille, France
Venue:
JEP/TALN/RECITAL
SIG:
Publisher:
ATALA
Note:
Pages:
21–30
Language:
French
URL:
https://aclanthology.org/2021.jeptalnrecital-deft.3
DOI:
Bibkey:
Cite (ACL):
Christel Gérardin, Pascal Vaillant, Perceval Wajsbürt, Clément Gilavert, Ali Bellamine, Emmanuelle Kempf, and Xavier Tannier. 2021. Classification multilabel de concepts médicaux pour l’identification du profil clinique du patient (Multilabel classification of medical concepts for patient’s clinical profile identification ). In Actes de la 28e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles. Atelier DÉfi Fouille de Textes (DEFT), pages 21–30, Lille, France. ATALA.
Cite (Informal):
Classification multilabel de concepts médicaux pour l’identification du profil clinique du patient (Multilabel classification of medical concepts for patient’s clinical profile identification ) (Gérardin et al., JEP/TALN/RECITAL 2021)
Copy Citation:
PDF:
https://aclanthology.org/2021.jeptalnrecital-deft.3.pdf