@inproceedings{sebe-etal-2024-extraction,
title = "Extraction d{'}entit{\'e}s nomm{\'e}es d{\'e}crivant des cha{\^\i}nes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais",
author = "Sebe, Cl{\'e}mence and
Cohen-Boulakia, Sarah and
Ferret, Olivier and
N{\'e}v{\'e}ol, Aur{\'e}lie",
editor = "Balaguer, Mathieu and
Bendahman, Nihed and
Ho-dac, Lydia-Mai and
Mauclair, Julie and
G Moreno, Jose and
Pinquier, Julien",
booktitle = "Actes de la 31{\`e}me Conf{\'e}rence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, volume 1 : articles longs et prises de position",
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year = "2024",
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publisher = "ATALA and AFPC",
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pages = "422--434",
abstract = "Les cha{\^\i}nes de traitement d{'}analyses de donn{\'e}es biologiques utilis{\'e}es en bioinformatique sont une solution pour la portabilit{\'e} et la reproductibilit{\'e} des analyses. Ces cha{\^\i}nes figurent {\`a} la fois sous forme descriptive dans des articles scientifiques et/ou sous forme de codes dans des d{\'e}p{\^o}ts. L{'}identification de publications scientifiques d{\'e}crivant de nouvelles cha{\^\i}nes de traitement et l{'}extraction de leurs informations sont des enjeux importants pour la communaut{\'e} bioinformatique. Nous proposons ici d{'}{\'e}tendre le corpus BioToFlow ayant trait aux articles d{\'e}crivant des cha{\^\i}nes de traitement bioinformatiques et de l{'}utiliser pour entra{\^\i}ner et {\'e}valuer des mod{\`e}les de reconnaissance d{'}entit{\'e}s nomm{\'e}es bioinformatiques. Ce travail est accompagn{\'e} d{'}une discussion critique portant {\`a} la fois sur le processus d{'}annotation du corpus et sur les r{\'e}sultats de l{'}extraction d{'}entit{\'e}s.",
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<title>Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais</title>
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<abstract>Les chaînes de traitement d’analyses de données biologiques utilisées en bioinformatique sont une solution pour la portabilité et la reproductibilité des analyses. Ces chaînes figurent à la fois sous forme descriptive dans des articles scientifiques et/ou sous forme de codes dans des dépôts. L’identification de publications scientifiques décrivant de nouvelles chaînes de traitement et l’extraction de leurs informations sont des enjeux importants pour la communauté bioinformatique. Nous proposons ici d’étendre le corpus BioToFlow ayant trait aux articles décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques et de l’utiliser pour entraîner et évaluer des modèles de reconnaissance d’entités nommées bioinformatiques. Ce travail est accompagné d’une discussion critique portant à la fois sur le processus d’annotation du corpus et sur les résultats de l’extraction d’entités.</abstract>
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%T Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais
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[Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais](https://aclanthology.org/2024.jeptalnrecital-taln.30) (Sebe et al., JEP/TALN/RECITAL 2024)
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