Este artigo aborda tarefas de etapas anteriores ao processamento computacional de fontes históricas do século XVIII, em língua portuguesa. O trabalho desenvolvido incidiu em domínios muito especializados: fauna e flora. Por esta última característica, esperava-se um fraco nível de ambiguidade vocabular, mas assim não aconteceu. Por isso, apresenta-se um roteiro do processo de normalização ortográfica; descreve-se a constituição do corpus anotado de Entidades Nomeadas e, sobretudo, discutem-se problemas ligados à variação lexical nestes thesauri de especialidade e os constrangimentos do processo. Desta forma, pretende-se contribuir para a reflexão sobre o que é o processo de normalização de fontes históricas e chamar a atenção para a importância das boas práticas neste quadro.